De par leur mode de vie et/ou leur physiologie, ils peuvent bioaccumuler les contaminants chimiques présents dans le milieu. Ceci explique l’utilisation des mollusques comme support d’analyse pour le suivi de la contamination par les micropolluants persistants, mais aussi comme espèce sentinelle pour évaluer, grâce à l’analyse de biomarqueurs, les effets provoqués par ces substances sur les organismes. Sont ainsi mis en évidence, dans l’estuaire de la Seine, des niveaux de contamination pouvant être importants (Argent, PCB, HAP, etc.) et des effets néfastes sur l’état de santé des mollusques : lésions à l’ADN pouvant se répercuter au niveau des populations, affection de la reproduction (décalage de la maturation sexuelle, imposex, etc.), etc.

 

Au-delà de la contamination chimique, les mollusques sont sensibles à la présence de microorganismes pathogènes (bactéries, virus, protozoaires) et d’espèces phytoplanctoniques toxiques ou nuisibles (par privation d’oxygène suite à une prolifération, par lésion mécanique des branchies ou par effet toxique direct de phycotoxines produites par certaines espèces). Ces contaminations peuvent également être dangereuses pour les consommateurs de coquillages, c’est pourquoi des seuils réglementaires ont été fixés pour la mise sur le marché des coquillages. Des plans de surveillance ont également été déployés (le REPHY : réseau de surveillance du phytoplancton et des phycotoxines et le REMI : réseau de contrôle microbiologique des zones de production conchylicoles). Cette surveillance peut déboucher sur la prise d’arrêtés interdisant la pêche sur des secteurs plus ou moins étendus et pour des durées plus ou moins longues (généralement entre juin et octobre pour les Dinophysis, par exemple).