Naturellement faiblement présents dans les écosystèmes aquatiques, les sels nutritifs aujourd’hui retrouvés dans les cours d’eau sont surtouts dues aux activités humaines. Les apports en azote et en phosphore, soit diffus, soit localisés au débouché de grandes installations, résultent principalement des activités agricoles (azote sous forme de nitrates résultant du lessivage des sols engraissés, azote ammoniacal dans les régions d'élevage), des rejets industriels et des rejets urbains. La silice, quant à elle, provient essentiellement de l’altération des roches et n'est que faiblement influencée par l’activité humaine.
Selon l’élément nutritif considéré, les profils d’évolution des concentrations dans l’estuaire différent : diminution pour les orthophosphates et l’ammoniac, augmentation pour les nitrates, maintien pour la silice. L’amélioration observée pour les flux d’orthophosphates est à mettre en relation avec une meilleure maîtrise des rejets issus des activités anthropiques. Cette tendance devrait se poursuivre dans la décennie à venir de telle sorte que le phosphore deviendrait l'élément limitant pour les blooms algaux observés en milieu côtier. La réduction très sensible de l'ammoniac devrait se poursuivre dans la décennie à venir jusqu'à atteindre des niveaux satisfaisants pour cette variable, grâce à la généralisation du traitement de l'azote au niveau des stations d’épuration de l’agglomération parisienne. L’augmentation des concentrations en nitrates correspond à une hausse des apports agricoles. Compte tenu de la tendance à l'extension des zones arables observée depuis les dernières décennies et l'inertie au niveau des aquifères qui a été estimée supérieure à 30 ans, cette tendance à la hausse devrait se poursuivre.
Des actions pour réduire les quantités de ces éléments dans les milieux sont encore nécessaires via la mise en place de nouvelles techniques d’assainissement pour les rejets urbains et le renforcement des normes de rejets. Cependant, pour les estuaires et les milieux côtiers qui concentrent les apports de tout le bassin versant, ces efforts ne sont souvent pas suffisants pour limiter l'eutrophisation, notamment du fait de la prépondérance des apports agricoles, comme dans le cas de la Seine.
