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Les estuaires sont des écosystèmes complexes, riches et productifs. Les recherches en ichtyo-écologie menées lors des dernières décennies dans ces milieux ont permis de définir leurs principales fonctionnalités vis-à-vis des poissons en tant que support de leur propre communauté de poissons résidents, mais aussi en tant qu'espaces de nourricerie, voie de migration et aires de refuge pour de nombreuses espèces d'origine marine ou dulçaquicole.
Dans l’estuaire de la Seine, le contexte d'altération des espaces aquatiques renforce l’intérêt d’examiner l'état actuel des communautés de poissons en s'interrogeant sur les fonctionnalités d'habitats : autant d'éléments de connaissances indispensables pour le maintien et la restauration de l'ichtyofaune de l'estuaire. Une des questions clé consiste donc à caractériser la répartition spatiale des communautés de poissons à l'échelle de l'ensemble de l'estuaire, en intégrant l'hétérogénéité spatio-temporelle des habitats présents.
L'objectif central de cette thèse est de constituer une première approche de la fonctionnalité des habitats de l'estuaire de la Seine vis-à-vis de l'ichtyofaune et des processus susceptibles de faire varier ou de limiter ces fonctionnalités. Parmi les neuf habitats définis dans les estuaires européens, huit d'entre eux sont présents dans l'estuaire de la Seine. Bien que cette étude n'aborde pas directement les communautés de poissons sur les récifs biogéniques ni même celles des substrats rocheux intertidaux ou subtidaux, les échantillons collectés entre 2001 et 2007 par la CSLN proviennent successivement des eaux douces tidales, de substrats meubles intertidaux et subtidaux ainsi que de roselières et de marais salés, soit la majorité des habitats recensés dans les estuaires Européens et les plus représentatifs de l'estuaire de la Seine en terme de surface occupée. Cette approche spatiale, aussi complète que possible, fait de cette thèse le premier document de référence sur les communautés ichtyologiques de cet estuaire en liaison avec son fonctionnement global. Cette approche globale, adoptée durant les différentes phases du projet, est conduite à son terme en proposant un modèle conceptuel de la structuration spatiale de l'ichtyofaune de l'estuaire de la Seine. Il s'agit également de relativiser les résultats obtenus en les mettant en perspective avec l'estuaire de la Loire, choisi pour ses points communs avec la Seine, notamment sur le plan des pressions anthropiques.
Décembre 2010
Estuaire aval essentiellement et estuaire amont depuis les zones subtidales jusque dans les chenaux de marée transverses.

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